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Service introduction

DNA methylation is an important part of epigenetics, which plays an important role in maintaining normal cell function, genetic imprinting, embryonic development, and human tumor occurrence. Bisulfite treatment can distinguish unmethylated cytosine from methylated cytosine in the genome, and thus has become a classic experimental method in epigenetics research. The bisulfite treatment combined with high-throughput sequencing technology, the sequencing method of bisulfite sequencing, can draw a single-base resolution DNA methylation map. The analysis of the high-precision methylation modification patterns of specific species provides a foundation for the application in the basic mechanism research of cell differentiation, tissue development, and breeding, human health and disease research.

Technical procedures

Sample requirements and experiment cycle

表观遗传学相关DNA测序样品要求及周期
实验类型	样品总量	样品浓度	样品纯度OD260/280	样品保存	实验周期
全基因甲基化测序	3 μg 的基因组 DNA	基因组 DNA 样品浓度 >100 ng/μl，富集后 DNA 样品浓度 >5 ng/μl，	OD260/280 介于 1.8-2.0 之间，无肉眼可见污染；	请选择乙醇、纯水进行保存	40-60个工作日
简化基因组甲基化测序	≥4 μg DNA				40-60个工作日
免疫共沉降测序	30 ng 的抗体富集后的 DNA 片段样品				40-50个工作日
甲基化抗体沉降测序	30 ng 的抗体富集后的 DNA 片段样品				40-45个工作日

Bioinformatics analysis

生物信息学分析
全基因组甲基化测序分析内容	简化基因组甲基化测序分析内容	ChIP-seq 测序分析内容	MeIDP-seq 测序分析内容
数据产出总量、C 的测序深度统计、基因组覆盖度统计	数据产出统计及基本的数据质控处理	数据产出统计及基本的数据质控处理	原始数据产出统计及基本的数据质控处理
与目的物种基因组进行比对	测序数据与目的物种基因组进行比对	通过参考基因组比对确定 Peak 的位置信息	与基因组比对（需要客户提供参考基因组信息）
鉴定 C 碱基的甲基化状态及在基因组上的分布	胞嘧啶 C 的测序深度统计	Peak 的数量及长度，以及富集度统计	基因组上检测到的甲基化区域统计
统计各染色体所有 5mC 的数量、位置及甲基化水平	Promoter 和 CpG 岛上覆盖度及甲基化分析	基因组上不用功能区域 Peak 分布统计	每个样品检测到的甲基化区域的分布情况（在重复区域、基因区、基因间区的分布）
统计各同基因功能区域内 5mC 中 CpG、CHG、CHH 所占的比例及甲基化水平	鉴定胞嘧啶 C 碱基的甲基化状态及在基因组上的分布	多个样品间 Peak 及相关基因的差异分析	提供与样本甲基化区域相关的基因列表
CpG、CHG、CHH 中 5mC 附近的 6 bp 序列的特征分析		Peak 相关基因 GO 显著性富集分析	两个样本间甲基化区域相关差异统计
多样品间的差异性甲基化区域（DMR）预测		2 个以上样本差异分析